Les règles applicables aux arrêts maladie et aux IJSS AT/MP évoluent à partir du 1er septembre 2026. Plusieurs décrets publiés en juin 2026 viennent renforcer l’encadrement des prescriptions médicales et modifier progressivement les conditions d’indemnisation des salariés.
Pour les employeurs, ces changements ne sont pas anodins. Ils peuvent impacter le suivi des absences, le maintien de salaire, la gestion de la paie et les processus RH. Quelles sont les nouvelles obligations ? Quels salariés sont concernés ? Comment anticiper ces évolutions ? Voici l’essentiel à retenir.
Arrêts maladie 2026 : un encadrement renforcé dès le 1er septembre
La principale nouveauté concerne la durée des arrêts de travail ouvrant droit aux indemnités journalières de la Sécurité sociale.
Jusqu’à présent, aucun plafond réglementaire précis ne limitait la durée d’une prescription initiale ou d’une prolongation. À compter du 1er septembre 2026, de nouvelles limites s’appliquent.
Quelle durée maximale pour un arrêt maladie en 2026 ?
Les nouvelles règles prévoient :
| Type de prescription | Durée maximale |
|---|---|
| Prescription initiale | 31 jours |
| Prolongation | 62 jours |
Concrètement, un médecin ne pourra plus prescrire un arrêt initial supérieur à 31 jours. Chaque prolongation sera également limitée à 62 jours.
Cette mesure vise à renforcer le suivi médical des salariés en arrêt de travail et à mieux contrôler le versement des IJSS.
Les arrêts longs restent-ils possibles après le 1er septembre 2026 ?
Oui. C’est un point souvent mal compris.
La réforme ne limite pas la durée totale d’un arrêt maladie. Elle encadre uniquement la durée de chaque prescription.
Un salarié pourra donc rester en arrêt plusieurs mois si son état de santé le justifie. En revanche, le médecin devra renouveler l’arrêt plus régulièrement.
Dans certaines situations, le prescripteur pourra également dépasser les plafonds prévus lorsque l’état de santé du patient ou la nature de son activité professionnelle le nécessite.
Un contrôle médical renforcé pour les arrêts longue durée
Lorsque l’arrêt de travail dépasse trois mois, le médecin pourra solliciter l’avis du service du contrôle médical de l’Assurance Maladie.
L’objectif est d’assurer un meilleur suivi des situations les plus complexes tout en sécurisant le versement des indemnités journalières.
IJSS AT/MP : une nouvelle limite de versement à partir de 2027
La réforme ne concerne pas uniquement les arrêts maladie.
Elle modifie également les règles relatives aux indemnités journalières versées en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle (AT/MP).
Quelle durée maximale pour les IJSS AT/MP ?
Pour les sinistres intervenant à compter du 1er janvier 2027, les IJSS AT/MP seront versées pendant une durée maximale de quatre ans.
Aujourd’hui, ces indemnités peuvent être versées jusqu’à la guérison ou à la consolidation de l’état de santé du salarié, sans véritable plafond de durée. La réforme introduit donc une limite claire.
Si aucun événement mettant fin à l’incapacité n’intervient durant cette période, le versement des IJSS cessera à l’issue des quatre années prévues par les textes.
Quel impact pour les employeurs ?
Les nouvelles règles imposent aux entreprises de renforcer leur suivi administratif des absences.
Plusieurs conséquences pratiques peuvent apparaître :
- davantage de renouvellements d’arrêts à intégrer dans les outils RH ;
- un suivi plus fréquent des justificatifs transmis par les salariés ;
- une gestion plus rigoureuse de la subrogation et du maintien de salaire ;
- une attention accrue sur les dossiers AT/MP de longue durée.
Les équipes RH devront également informer les managers afin d’éviter toute confusion sur les nouvelles durées applicables.
Pourquoi le gouvernement encadre-t-il davantage les arrêts maladie ?
Cette réforme s’inscrit dans une stratégie globale de maîtrise des dépenses liées aux indemnités journalières.
Selon les pouvoirs publics, l’augmentation continue du nombre d’arrêts de travail et du coût des IJSS justifie un encadrement plus strict des prescriptions médicales et des périodes d’indemnisation.
L’objectif affiché consiste à améliorer le suivi médical tout en limitant les situations d’absence prolongée insuffisamment réévaluées.
Comment préparer son entreprise aux nouvelles règles sur les arrêts maladie ?
Les employeurs ont intérêt à anticiper dès maintenant l’entrée en vigueur de ces mesures.
Une préparation efficace passe notamment par :
La mise à jour des procédures RH
Les équipes doivent intégrer les nouveaux plafonds de prescription dans leurs pratiques de gestion des absences.
La sécurisation des processus de paie
Les échanges liés aux IJSS et au maintien de salaire nécessitent un suivi particulièrement rigoureux.
L’amélioration du pilotage des absences
Une vision claire des arrêts maladie et des dossiers AT/MP facilite l’anticipation des impacts organisationnels et financiers.
Arrêts maladie et IJSS AT/MP : pourquoi un SIRH devient un véritable atout ?
L’évolution de la réglementation confirme une tendance de fond : la gestion des absences devient de plus en plus technique.
Entre les nouvelles durées de prescription, le suivi des prolongations, les dossiers AT/MP et les échanges avec la paie, les risques d’erreur augmentent rapidement lorsque les informations restent dispersées.
Un SIRH permet de centraliser les données, d’automatiser les alertes sur les échéances importantes et de fiabiliser le traitement des arrêts de travail. Les équipes RH gagnent ainsi en réactivité tout en sécurisant leur conformité réglementaire.
Avec les changements prévus dès septembre 2026 puis en janvier 2027, disposer d’outils RH performants devient un véritable levier pour piloter efficacement les absences et limiter les tâches administratives à faible valeur ajoutée.
